SEQ2FUN

BioLiP
Download all results in tab-seperated text for 942758 receptor-ligand interactions, whose format is explained at readme.txt.
  • Hover over PDB to view the title of the structure. Click PDB to view the structure at the RCSB PDB database. Resolution -1.00 means the resolution is unavailable, e.g., for NMR structures.
  • Click Site # to view the binding site structure. Hover over Site # to view the binding residues.
  • Hover over Ligand to view the full ligand name. Click Ligand to view the 2D diagram and other detail information of the ligand.
  • Hover over EC number to view the full name of enzymatic activity.
  • Hover over GO terms to view all GO terms.
  • Hover over UniProt to view the protein name.
  • Sort results by
    << < 2336 2337 2338 2339 2340 2341 2342 2343 2344 2345 2346 2347 2348 2349 2350 2351 2352 2353 2354 2355 2356 > >>
    Go to page

    # PDB
    (Resolution Å)
    Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    469001 6gaw:BX (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469002 6gaw:BY (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1RHJ1 30089917
    469003 6gaw:Ba (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287BIV6 30089917
    469004 6gaw:Bb (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... F1RW03 30089917
    469005 6gaw:Bb (3.2) BS02 rna ? GO:0005739 ... F1RW03 30089917
    469006 6gaw:Bd (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A286ZP98 30089917
    469007 6gaw:Be (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1F1K9 30089917
    469008 6gaw:Be (3.2) BS02 MG ? GO:0003735 ... A0A8D1F1K9 30089917
    469009 6gaw:Bf (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A287BQA1 30089917
    469010 6gaw:Bg (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1S8U4 30089917
    469011 6gaw:Bh (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1SR64 30089917
    469012 6gaw:Bi (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... I3LGM5 30089917
    469013 6gaw:Bj (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1SRT0 30089917
    469014 6gaw:Bk (3.2) BS01 rna ? GO:0005761 ... A0A480J9Z6 30089917
    469015 6gaw:Bk (3.2) BS02 rna ? GO:0005761 ... A0A480J9Z6 30089917
    469016 6gaw:Bl (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0R4J8D6 30089917
    469017 6gaw:Bn (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1P1C8 30089917
    469018 6gaw:Bo (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1S9B7 30089917
    469019 6gaw:Bp (3.2) BS01 rna N/A N/A N/A 30089917
    469020 6gaw:Bq (3.2) BS01 rna ? N/A I3LN63 30089917
    469021 6gaw:Bt (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287BP93 30089917
    469022 6gaw:Bt (3.2) BS02 MG ? GO:0003735 ... A0A287BP93 30089917
    469023 6gaw:Bv (3.2) BS01 rna ? GO:0005634 ... A0A286ZXA6 30089917
    469024 6gaw:Bw (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469025 6gaw:Bx (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RRH6 30089917
    469026 6gaw:Bx (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... F1RRH6 30089917
    469027 6gaw:CL (3.2) BS01 peptide ? GO:0003729 ... A0A4X1U6S6 30089917
    469028 6gaw:CL (3.2) BS02 peptide ? GO:0003729 ... A0A4X1U6S6 30089917
    469029 6gax:A (1.77) BS01 AMP 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0032324 ... Q39054 29717023
    469030 6gax:A (1.77) BS02 MOO 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0032324 ... Q39054 29717023
    469031 6gay:A (1.86) BS01 FMN ? GO:0000166 ... A8LP63 29989797
    469032 6gay:B (1.86) BS01 FMN ? GO:0000166 ... A8LP63 29989797
    469033 6gaz:AB (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1S001 30089917
    469034 6gaz:AB (3.1) BS02 MG ? GO:0003735 ... F1S001 30089917
    469035 6gaz:AC (3.1) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A287ANU4 30089917
    469036 6gaz:AE (3.1) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1SU66 30089917
    469037 6gaz:AE (3.1) BS02 rna ? GO:0003723 ... F1SU66 30089917
    469038 6gaz:AF (3.1) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469039 6gaz:AG (3.1) BS01 rna ? GO:0000028 ... A0A286ZJ25 30089917
    469040 6gaz:AI (3.1) BS01 rna ? GO:0003723 ... I3LU08 30089917
    469041 6gaz:AI (3.1) BS02 rna ? GO:0003723 ... I3LU08 30089917
    469042 6gaz:AJ (3.1) BS01 rna ? GO:0005763 ... F1RUU2 30089917
    469043 6gaz:AK (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZJJ6 30089917
    469044 6gaz:AL (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0M3KL52 30089917
    469045 6gaz:AN (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0M3KL53 30089917
    469046 6gaz:AO (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287BMP0 30089917
    469047 6gaz:AP (3.1) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469048 6gaz:AQ (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1UDM1 30089917
    469049 6gaz:AR (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0M3KL54 30089917
    469050 6gaz:AR (3.1) BS02 ZN ? GO:0003735 ... A0A0M3KL54 30089917
    469051 6gaz:AU (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZNB3 30089917
    469052 6gaz:Ab (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287AEW3 30089917
    469053 6gaz:Ac (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0M3KL55 30089917
    469054 6gaz:Ac (3.1) BS02 ZN ? GO:0003735 ... A0A0M3KL55 30089917
    469055 6gaz:Ad (3.1) BS01 rna ? GO:0005763 ... A0A287AY01 30089917
    469056 6gaz:Ae (3.1) BS01 peptide ? N/A I3LK09 30089917
    469057 6gaz:Ae (3.1) BS02 rna ? N/A I3LK09 30089917
    469058 6gaz:Ag (3.1) BS01 rna ? GO:0005654 ... A0A8D1XNL0 30089917
    469059 6gaz:Ag (3.1) BS02 GTP ? GO:0005654 ... A0A8D1XNL0 30089917
    469060 6gaz:Ah (3.1) BS01 peptide N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469061 6gaz:Ai (3.1) BS01 rna ? N/A A0A4X1V2H3 30089917
    469062 6gaz:Ai (3.1) BS02 peptide ? N/A A0A4X1V2H3 30089917
    469063 6gaz:Aj (3.1) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469064 6gaz:Am (3.1) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A4X1SZV4 30089917
    469065 6gaz:An (3.1) BS01 rna ? GO:0005634 ... A0A8D2A802 30089917
    469066 6gaz:Ao (3.1) BS01 rna ? GO:0005739 ... K7GKS8 30089917
    469067 6gaz:Ap (3.1) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q767K8 30089917
    469068 6gaz:Ap (3.1) BS02 ZN ? GO:0003735 ... Q767K8 30089917
    469069 6gaz:BC (3.1) BS01 rna ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469070 6gaz:BC (3.1) BS02 rna ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469071 6gaz:BC (3.1) BS03 GSP ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469072 6gaz:BC (3.1) BS04 MG ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469073 6gaz:BC (3.1) BS05 FME ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469074 6gb0:A (1.814) BS01 AMP 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0032324 ... Q39054 29717023
    469075 6gb2:B0 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1U0F6 30089917
    469076 6gb2:B1 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZTW8 30089917
    469077 6gb2:B2 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1SGC7 30089917
    469078 6gb2:B3 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1MIP3 30089917
    469079 6gb2:B4 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1ULI6 30089917
    469080 6gb2:B5 (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469081 6gb2:B5 (3.2) BS02 ZN N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469082 6gb2:B6 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1TLP9 30089917
    469083 6gb2:B7 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1UFR4 30089917
    469084 6gb2:B8 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1SVC5 30089917
    469085 6gb2:B9 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287A731 30089917
    469086 6gb2:B9 (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... A0A287A731 30089917
    469087 6gb2:BC (3.2) BS01 rna ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469088 6gb2:BC (3.2) BS02 rna ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469089 6gb2:BC (3.2) BS03 GSP ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469090 6gb2:BC (3.2) BS04 MG ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469091 6gb2:BC (3.2) BS05 FME ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    469092 6gb2:BD (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RRN2 30089917
    469093 6gb2:BE (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469094 6gb2:BF (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287B9C4 30089917
    469095 6gb2:BI (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... I3LR45 30089917
    469096 6gb2:BJ (3.2) BS01 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    469097 6gb2:BJ (3.2) BS02 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    469098 6gb2:BJ (3.2) BS03 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    469099 6gb2:BJ (3.2) BS04 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    469100 6gb2:BJ (3.2) BS05 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    469101 6gb2:BJ (3.2) BS06 rna ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    469102 6gb2:BK (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RU54 30089917
    469103 6gb2:BN (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469104 6gb2:BO (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469105 6gb2:BP (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469106 6gb2:BQ (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RI89 30089917
    469107 6gb2:BR (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RMQ4 30089917
    469108 6gb2:BS (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZNK1 30089917
    469109 6gb2:BS (3.2) BS02 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZNK1 30089917
    469110 6gb2:BT (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469111 6gb2:BU (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZU56 30089917
    469112 6gb2:BV (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1RY70 30089917
    469113 6gb2:BW (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1TXR4 30089917
    469114 6gb2:BX (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469115 6gb2:BY (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1RHJ1 30089917
    469116 6gb2:Ba (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287BIV6 30089917
    469117 6gb2:Bb (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... F1RW03 30089917
    469118 6gb2:Bb (3.2) BS02 rna ? GO:0005739 ... F1RW03 30089917
    469119 6gb2:Bd (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A286ZP98 30089917
    469120 6gb2:Be (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1F1K9 30089917
    469121 6gb2:Be (3.2) BS02 MG ? GO:0003735 ... A0A8D1F1K9 30089917
    469122 6gb2:Bf (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A287BQA1 30089917
    469123 6gb2:Bg (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1S8U4 30089917
    469124 6gb2:Bh (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1SR64 30089917
    469125 6gb2:Bi (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... I3LGM5 30089917
    469126 6gb2:Bj (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1SRT0 30089917
    469127 6gb2:Bk (3.2) BS01 rna ? GO:0005761 ... A0A480J9Z6 30089917
    469128 6gb2:Bk (3.2) BS02 rna ? GO:0005761 ... A0A480J9Z6 30089917
    469129 6gb2:Bl (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0R4J8D6 30089917
    469130 6gb2:Bn (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1P1C8 30089917
    469131 6gb2:Bo (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1S9B7 30089917
    469132 6gb2:Bp (3.2) BS01 rna N/A N/A N/A 30089917
    469133 6gb2:Bq (3.2) BS01 rna ? N/A I3LN63 30089917
    469134 6gb2:Bt (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287BP93 30089917
    469135 6gb2:Bt (3.2) BS02 MG ? GO:0003735 ... A0A287BP93 30089917
    469136 6gb2:Bv (3.2) BS01 rna ? GO:0005634 ... A0A286ZXA6 30089917
    469137 6gb2:Bw (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    469138 6gb2:Bx (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RRH6 30089917
    469139 6gb2:Bx (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... F1RRH6 30089917
    469140 6gb2:CL (3.2) BS01 peptide ? GO:0003729 ... A0A4X1U6S6 30089917
    469141 6gb2:CL (3.2) BS02 peptide ? GO:0003729 ... A0A4X1U6S6 30089917
    469142 6gb3:A (1.752) BS01 FMN ? GO:0000166 ... A8LP63 29989797
    469143 6gb4:A (1.648) BS01 AMP 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0006777 ... Q39054 29717023
    469144 6gb4:A (1.648) BS02 MOO 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0006777 ... Q39054 29717023
    469145 6gb5:A (2.3) BS01 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469146 6gb5:A (2.3) BS02 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469147 6gb5:C (2.3) BS01 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469148 6gb5:C (2.3) BS02 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469149 6gb6:A (1.78) BS01 LEU ? N/A P01901 30808808
    469150 6gb6:D (1.78) BS01 GLY ? N/A P01901 30808808
    469151 6gb6:D (1.78) BS02 LEU ? N/A P01901 30808808
    469152 6gb7:A (2.15) BS01 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469153 6gb7:A (2.15) BS02 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469154 6gb7:C (2.15) BS01 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469155 6gb7:C (2.15) BS02 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469156 6gb7:E (2.15) BS01 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469157 6gb7:G (2.15) BS01 peptide ? GO:0001913 ... P01899 30808808
    469158 6gb8:A (1.48) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 30821704
    469159 6gb8:A (1.48) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 30821704
    469160 6gb8:A (1.48) BS03 NO2 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 30821704
    469161 6gb9:A (1.67) BS01 AMP 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0006777 ... Q39054 29717023
    469162 6gba:A (1.9) BS01 FMN ? GO:0000166 ... A8LP63 29989797
    469163 6gbb:A (1.48) BS01 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 30821704
    469164 6gbb:A (1.48) BS02 CU 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 30821704
    469165 6gbb:A (1.48) BS03 NO2 1.7.2.1 GO:0005507 ... P25006 30821704
    469166 6gbc:A (1.59) BS01 AMP 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0006777 ... Q39054 29717023
    469167 6gbc:A (1.59) BS02 MOO 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0006777 ... Q39054 29717023
    469168 6gbe:A (-1.00) BS01 peptide 3.1.3.48 N/A Q64512 30189200
    469169 6gbf:A (1.712) BS01 AMP 2.10.1.1
    2.7.7.75
    GO:0006777 ... Q39054 29717023
    469170 6gbj:A (1.63) BS01 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469171 6gbj:A (1.63) BS02 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469172 6gbk:A (1.9) BS01 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469173 6gbk:A (1.9) BS02 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469174 6gbk:B (1.9) BS01 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469175 6gbk:B (1.9) BS02 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469176 6gbl:A (1.95) BS01 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469177 6gbl:A (1.95) BS02 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469178 6gbl:B (1.95) BS01 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469179 6gbl:B (1.95) BS02 ZN 3.1.8.1 GO:0004063 ... P0A434 30270109
    469180 6gbm:B (-1.00) BS01 rna ? GO:0003676 ... P35637 30581145
    469181 6gbn:A (2.09) BS01 ADN N/A N/A N/A N/A
    469182 6gbn:A (2.09) BS02 NAD N/A N/A N/A N/A
    469183 6gbn:A (2.09) BS03 NAD N/A N/A N/A N/A
    469184 6gbn:B (2.09) BS01 NAD N/A N/A N/A N/A
    469185 6gbn:B (2.09) BS02 ADN N/A N/A N/A N/A
    469186 6gbn:B (2.09) BS03 NAD N/A N/A N/A N/A
    469187 6gbn:C (2.09) BS01 ADN N/A N/A N/A N/A
    469188 6gbn:C (2.09) BS02 NAD N/A N/A N/A N/A
    469189 6gbn:C (2.09) BS03 NAD N/A N/A N/A N/A
    469190 6gbn:D (2.09) BS01 NAD N/A N/A N/A N/A
    469191 6gbn:D (2.09) BS02 ADN N/A N/A N/A N/A
    469192 6gbn:D (2.09) BS03 NAD N/A N/A N/A N/A
    469193 6gbt:A (2.1) BS01 NAD 1.1.1.62 GO:0004303 ... Q9BPX1 N/A
    469194 6gbt:A (2.1) BS02 F45 1.1.1.62 GO:0004303 ... Q9BPX1 N/A BindingDB: Ki=7.0nM
    469195 6gbv:A (1.63) BS01 FMN ? GO:0000166 ... A8LP63 29989797
    469196 6gbw:H (1.45) BS01 peptide 3.4.21.5 GO:0004252 ... P00734 31633354
    469197 6gbw:H (1.45) BS02 peptide 3.4.21.5 GO:0004252 ... P00734 31633354
    469198 6gbw:H (1.45) BS03 EU5 3.4.21.5 GO:0004252 ... P00734 31633354 MOAD: Ki=3.51nM
    BindingDB: Ki=3.5nM
    469199 6gbx:A (1.72) BS01 ZN 2.3.2.5 GO:0005515 ... Q16769 30132075
    469200 6gbx:A (1.72) BS02 S77 2.3.2.5 GO:0005515 ... Q16769 30132075 MOAD: Ki=0.02uM
    BindingDB: IC50=17nM

    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Lydia Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).