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BioLiP
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    # PDB
    (Resolution Å)
    Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
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    815811 8g38:r (3.2) BS02 rna ? GO:0003723 ... P0A7U3 38244547
    815812 8g38:s (3.2) BS01 rna ? GO:0000028 ... P0A7U7 38244547
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    815815 8g38:x (3.2) BS01 rna ? GO:0003676 ... P0A7V3 38244547
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    815827 8g3b:E (3.5) BS01 6OU 2.7.13.3 GO:0000155 ... O35044 37393310
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    815939 8g3d:GM (3.7) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0005200 ... P41351 37061538
    815940 8g3d:GN (3.7) BS01 GDP ? GO:0003924 ... P41352 37061538
    815941 8g3d:HA (3.7) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0005200 ... P41351 37061538
    815942 8g3d:HB (3.7) BS01 GDP ? GO:0003924 ... P41352 37061538
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    815944 8g3d:HD (3.7) BS01 GDP ? GO:0003924 ... P41352 37061538
    815945 8g3d:HE (3.7) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0005200 ... P41351 37061538
    815946 8g3d:HF (3.7) BS01 GDP ? GO:0003924 ... P41352 37061538
    815947 8g3d:HG (3.7) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0005200 ... P41351 37061538
    815948 8g3d:HH (3.7) BS01 GDP ? GO:0003924 ... P41352 37061538
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    815998 8g3d:KH (3.7) BS01 GTP ? GO:0003924 ... P41352 37061538
    815999 8g3d:KH (3.7) BS02 GDP ? GO:0003924 ... P41352 37061538
    816000 8g3d:KI (3.7) BS01 GTP 3.6.5.- GO:0005200 ... P41351 37061538

    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Lydia Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).