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BioLiP
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    # PDB
    (Resolution Å)
    Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    862401 8qsj:s (3.0) BS01 rna ? GO:0003723 ... Q9NP92 38042949
    862402 8qsj:u (3.0) BS01 rna ? GO:0005515 ... Q96EH3 38042949
    862403 8qsj:v (3.0) BS01 PM8 ? GO:0000266 ... L0R8F8 38042949
    862404 8qsj:x (3.0) BS01 rna 2.1.1.- GO:0000957 ... Q96CB9 38042949
    862405 8qsj:x (3.0) BS02 SAM 2.1.1.- GO:0000957 ... Q96CB9 38042949
    862406 8qsj:y (3.0) BS01 rna ? GO:0003690 ... Q7Z6M4 38042949
    862407 8qsj:z (3.0) BS01 rna ? GO:0003924 ... Q9BT17 38042949
    862408 8qsj:z (3.0) BS02 GNP ? GO:0003924 ... Q9BT17 38042949
    862409 8qsj:z (3.0) BS03 MG ? GO:0003924 ... Q9BT17 38042949
    862410 8qsk:A (3.3) BS01 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862411 8qsk:A (3.3) BS02 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862412 8qsk:A (3.3) BS03 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
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    862418 8qsk:C (3.3) BS01 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862419 8qsk:C (3.3) BS02 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862420 8qsk:C (3.3) BS03 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862421 8qsk:C (3.3) BS04 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862422 8qsk:C (3.3) BS05 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862423 8qsk:C (3.3) BS06 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862424 8qsk:C (3.3) BS07 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862425 8qsk:C (3.3) BS08 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
    862426 8qsl:A (2.81) BS01 Y01 ? GO:0005290 ... Q8N697 N/A
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    862440 8qso:A (2.106) BS01 GLC ? GO:0005515 ... P0AEX9
    Q07820
    38306405
    862441 8qso:A (2.106) BS02 GLC ? GO:0005515 ... P0AEX9
    Q07820
    38306405
    862442 8qso:A (2.106) BS03 WXW ? GO:0005515 ... P0AEX9
    Q07820
    38306405
    862443 8qsp:A (3.69) BS01 CA N/A N/A P98088 N/A
    862444 8qsp:B (3.69) BS01 CA N/A N/A P98088 N/A
    862445 8qsp:C (3.69) BS01 CA N/A N/A P98088 N/A
    862446 8qsp:D (3.69) BS01 CA N/A N/A P98088 N/A
    862447 8qsr:A (2.56) BS01 BGC N/A GO:0005515 ... P69786 39266522
    862448 8qsr:B (2.56) BS01 BGC N/A GO:0005515 ... P69786 39266522
    862449 8qst:A (2.89) BS01 BGC N/A GO:0005515 ... P69786 39266522
    862450 8qst:B (2.89) BS01 BGC N/A GO:0005515 ... P69786 39266522
    862451 8qsu:A (2.38) BS01 SAH N/A N/A Q5T280 N/A
    862452 8qsv:A (2.62) BS01 SAM N/A N/A Q5T280 N/A
    862453 8qsy:JA (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6T9 N/A
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    862459 8qsy:JC (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6T9 N/A
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    862530 8qsy:ND (2.68) BS03 MG N/A N/A A0A410N6T9 N/A
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    862536 8qsy:PM (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6S3 N/A
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    862538 8qsy:PO (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6S3 N/A
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    862542 8qsy:PS (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6S3 N/A
    862543 8qsy:PT (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6S3 N/A
    862544 8qsy:PU (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6S3 N/A
    862545 8qsy:PV (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6S3 N/A
    862546 8qsy:PW (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6S3 N/A
    862547 8qsy:PX (2.68) BS01 MG N/A N/A A0A410N6S3 N/A
    862548 8qsz:A (2.67) BS01 dna N/A GO:0000428 ... P36594 39746995
    862549 8qsz:A (2.67) BS02 rna N/A GO:0000428 ... P36594 39746995
    862550 8qsz:A (2.67) BS03 dna N/A GO:0000428 ... P36594 39746995
    862551 8qsz:B (2.67) BS01 rna N/A GO:0000428 ... Q02061 39746995
    862552 8qsz:B (2.67) BS02 dna N/A GO:0000428 ... Q02061 39746995
    862553 8qsz:B (2.67) BS03 peptide N/A GO:0000428 ... Q02061 39746995
    862554 8qsz:C (2.67) BS01 ZN N/A GO:0000428 ... P37382 39746995
    862555 8qsz:L (2.67) BS01 peptide N/A GO:0000428 ... P48011 39746995
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    862557 8qt0:A (1.85) BS02 ZN N/A N/A Q8IXJ6 N/A
    862558 8qt0:A (1.85) BS03 WWE N/A N/A Q8IXJ6 N/A
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    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Lydia Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).