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BioLiP
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    # PDB
    (Resolution Å)
    Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    865001 8qfd:J (2.2) BS01 rna ? GO:0000027 ... P62913 38383789
    865002 8qfd:J (2.2) BS02 rna ? GO:0000027 ... P62913 38383789
    865003 8qfd:L (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P26373 38383789
    865004 8qfd:L (2.2) BS02 rna ? GO:0002181 ... P26373 38383789
    865005 8qfd:M (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P50914 38383789
    865006 8qfd:N (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61313 38383789
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    865008 8qfd:O (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P40429 38383789
    865009 8qfd:P (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P18621 38383789
    865010 8qfd:P (2.2) BS02 rna ? GO:0002181 ... P18621 38383789
    865011 8qfd:Q (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... Q07020 38383789
    865012 8qfd:R (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P84098 38383789
    865013 8qfd:S (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... Q02543 38383789
    865014 8qfd:S (2.2) BS02 rna ? GO:0002181 ... Q02543 38383789
    865015 8qfd:T (2.2) BS01 rna ? GO:0001650 ... P46778 38383789
    865016 8qfd:T (2.2) BS02 rna ? GO:0001650 ... P46778 38383789
    865017 8qfd:U (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P35268 38383789
    865018 8qfd:V (2.2) BS01 rna ? GO:0000122 ... P62829 38383789
    865019 8qfd:W (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P83731 38383789
    865020 8qfd:X (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62750 38383789
    865021 8qfd:X (2.2) BS02 rna ? GO:0002181 ... P62750 38383789
    865022 8qfd:Y (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61254 38383789
    865023 8qfd:Y (2.2) BS02 rna ? GO:0002181 ... P61254 38383789
    865024 8qfd:Z (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61353 38383789
    865025 8qfd:a (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P46776 38383789
    865026 8qfd:b (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P47914 38383789
    865027 8qfd:c (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62888 38383789
    865028 8qfd:d (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62899 38383789
    865029 8qfd:e (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62910 38383789
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    865031 8qfd:g (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P49207 38383789
    865032 8qfd:g (2.2) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P49207 38383789
    865033 8qfd:h (2.2) BS01 rna ? GO:0000463 ... P42766 38383789
    865034 8qfd:h (2.2) BS02 rna ? GO:0000463 ... P42766 38383789
    865035 8qfd:i (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... Q9Y3U8 38383789
    865036 8qfd:j (2.2) BS01 rna ? GO:0000448 ... P61927 38383789
    865037 8qfd:j (2.2) BS02 rna ? GO:0000448 ... P61927 38383789
    865038 8qfd:j (2.2) BS03 ZN ? GO:0000448 ... P61927 38383789
    865039 8qfd:k (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P63173 38383789
    865040 8qfd:l (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62891 38383789
    865041 8qfd:l (2.2) BS02 rna ? GO:0002181 ... P62891 38383789
    865042 8qfd:m (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P62987 38383789
    865043 8qfd:m (2.2) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P62987 38383789
    865044 8qfd:o (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P83881 38383789
    865045 8qfd:p (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P61513 38383789
    865046 8qfd:p (2.2) BS02 ZN ? GO:0002181 ... P61513 38383789
    865047 8qfd:r (2.2) BS01 rna ? GO:0002181 ... P46779 38383789
    865048 8qfe:A (1.5) BS01 FMN ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865049 8qfe:A (1.5) BS02 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865050 8qff:A (2.1) BS01 FMN ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865051 8qff:A (2.1) BS02 ATP ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865052 8qff:A (2.1) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865053 8qff:A (2.1) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865054 8qfg:A (1.7) BS01 FMN ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865055 8qfg:A (1.7) BS02 ATP ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865056 8qfg:A (1.7) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865057 8qfg:A (1.7) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865058 8qfh:A (1.8) BS01 FMN ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865059 8qfh:A (1.8) BS02 ATP ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865060 8qfh:A (1.8) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865061 8qfh:A (1.8) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865062 8qfi:A (1.9) BS01 FMN ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
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    865066 8qfj:A (1.9) BS01 FMN ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865067 8qfj:A (1.9) BS02 ATP ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865068 8qfj:A (1.9) BS03 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865069 8qfj:A (1.9) BS04 MG ? GO:0004016 ... K9TLZ5 38185322
    865070 8qfk:AAA (1.11) BS01 UII N/A GO:0004064 ... P00918 38266245
    865071 8qfk:AAA (1.11) BS02 ZN N/A GO:0004064 ... P00918 38266245
    865072 8qfl:A (1.75) BS01 FE ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865073 8qfl:B (1.75) BS01 FE ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865074 8qfm:A (1.9) BS01 PEO ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865075 8qfm:A (1.9) BS02 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865076 8qfm:B (1.9) BS01 PEO ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865077 8qfm:B (1.9) BS02 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865078 8qfm:B (1.9) BS03 MG ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865079 8qfn:A (1.75) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865080 8qfn:B (1.75) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865081 8qfo:A (2.05) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865082 8qfo:B (2.05) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865083 8qfo:B (2.05) BS02 MG ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865084 8qfp:A (2.2) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865085 8qfp:B (2.2) BS01 MG ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865086 8qfp:B (2.2) BS02 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865087 8qfq:A (2.1) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865088 8qfq:B (2.1) BS01 MN ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865089 8qfq:B (2.1) BS02 MG ? GO:0005506 ... A0A840P3H4 38095354
    865090 8qfr:A (2.2) BS01 LW8 N/A GO:0005506 ... A0A840P3H4 N/A
    865091 8qfr:B (2.2) BS01 CA N/A GO:0005506 ... A0A840P3H4 N/A
    865092 8qfs:A (2.7) BS01 rna ? N/A Q5ZRQ1 37923743
    865093 8qfs:C (2.7) BS01 rna ? GO:0000287 ... P0CE48 37923743
    865094 8qfs:C (2.7) BS02 MG ? GO:0000287 ... P0CE48 37923743
    865095 8qfs:C (2.7) BS03 GTP ? GO:0000287 ... P0CE48 37923743
    865096 8qfw:A (2.0) BS01 MG 3.1.3.16
    3.1.3.74
    GO:0000287 ... P60487 38856179
    865097 8qfw:A (2.0) BS02 PO4 3.1.3.16
    3.1.3.74
    GO:0000287 ... P60487 38856179
    865098 8qfw:A (2.0) BS03 UK9 3.1.3.16
    3.1.3.74
    GO:0000287 ... P60487 38856179
    865099 8qfw:B (2.0) BS01 MG 3.1.3.16
    3.1.3.74
    GO:0000287 ... P60487 38856179
    865100 8qfw:B (2.0) BS02 PO4 3.1.3.16
    3.1.3.74
    GO:0000287 ... P60487 38856179
    865101 8qfx:A (1.6) BS01 peptide 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865102 8qfx:A (1.6) BS02 FUC 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865103 8qfx:A (1.6) BS03 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865104 8qfx:A (1.6) BS04 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865105 8qfx:B (1.6) BS01 peptide 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865106 8qfx:B (1.6) BS02 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865107 8qfx:B (1.6) BS03 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865108 8qfx:C (1.6) BS01 peptide 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865109 8qfx:C (1.6) BS02 FUC 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865110 8qfx:C (1.6) BS03 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865111 8qfx:C (1.6) BS04 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865112 8qfx:D (1.6) BS01 peptide 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865113 8qfx:D (1.6) BS02 ZN 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865114 8qfx:D (1.6) BS03 MG 3.4.15.1 GO:0006508 ... P12821 37904282
    865115 8qfy:AAA (2.33) BS01 peptide ? N/A P13747 38691588
    865116 8qfy:DDD (2.33) BS01 peptide N/A N/A N/A 38691588
    865117 8qfy:FFF (2.33) BS01 peptide ? N/A P13747 38691588
    865118 8qfy:III (2.33) BS01 peptide N/A N/A N/A 38691588
    865119 8qfy:JJJ (2.33) BS01 peptide N/A N/A N/A 38691588
    865120 8qfz:A (1.65) BS01 peptide ? GO:0001961 ... Q969D9 38284169
    865121 8qg0:A (3.43) BS01 dna ? GO:0003676 ... O28951 38197228
    865122 8qg0:A (3.43) BS02 rna ? GO:0003676 ... O28951 38197228
    865123 8qg0:B (3.43) BS01 dna ? N/A A0A075WKW4 38197228
    865124 8qg0:B (3.43) BS02 rna ? N/A A0A075WKW4 38197228
    865125 8qg1:A (2.0) BS01 FES 7.1.1.- GO:0003954 ... O66842 38503292
    865126 8qg1:B (2.0) BS01 SF4 7.1.1.- GO:0008137 ... O66841 38503292
    865127 8qg1:B (2.0) BS02 FMN 7.1.1.- GO:0008137 ... O66841 38503292
    865128 8qg1:B (2.0) BS03 APR 7.1.1.- GO:0008137 ... O66841 38503292
    865129 8qg1:C (2.0) BS01 FES 7.1.1.- GO:0003954 ... O66842 38503292
    865130 8qg1:D (2.0) BS01 SF4 7.1.1.- GO:0008137 ... O66841 38503292
    865131 8qg1:D (2.0) BS02 FMN 7.1.1.- GO:0008137 ... O66841 38503292
    865132 8qg1:D (2.0) BS03 APR 7.1.1.- GO:0008137 ... O66841 38503292
    865133 8qg2:A (1.83) BS01 V2Y N/A GO:0003951 ... Q8Y8D7 N/A
    865134 8qg3:A (1.84) BS01 UUO N/A GO:0003951 ... Q8Y8D7 N/A
    865135 8qg4:A (1.69) BS01 UZ6 N/A GO:0003951 ... Q8Y8D7 N/A
    865136 8qg5:A (2.63) BS01 UY6 N/A GO:0003951 ... Q8Y8D7 N/A
    865137 8qg6:A (2.142) BS01 V09 N/A GO:0003951 ... Q8Y8D7 N/A
    865138 8qg7:A (2.3) BS01 UXO N/A GO:0003951 ... Q8Y8D7 N/A
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    865200 8qhe:A (1.6) BS01 NDP ? GO:0016491 ... N/A 37782882

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  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Lydia Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).