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BioLiP
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    # PDB
    (Resolution Å)
    Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
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    867826 8que:A (3.3) BS01 dna N/A GO:0003677 ... L7T138
    Q8SDA7
    39029888
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    Q8SDA7
    39029888
    867828 8que:A (3.3) BS03 ZN N/A GO:0003677 ... L7T138
    Q8SDA7
    39029888
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    Q8SD91
    39029888
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    Q8SD91
    39029888
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    867834 8que:E (3.3) BS01 dna N/A N/A Q8SD39 39029888
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    867840 8qug:A (1.56) BS01 GDP 3.6.5.2 GO:0003924 ... P01116 39298590
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    867842 8quh:A (1.55) BS01 AJ2 ? GO:0016032 ... P12493 38581280
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    867854 8quo:D (1.94) BS01 HEM N/A GO:0006785 ... Q6NGV6 39865384
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    867859 8quv:B (2.7) BS01 HEM N/A GO:0016491 ... B8HNS6 38846772
    867860 8quw:A (2.02) BS01 WZR ? GO:0016032 ... P12493 38581280
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    867865 8qv1:A (2.2) BS01 X0H ? GO:0016032 ... P12493 38581280
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    867895 8qvg:A (2.2) BS01 6N8 N/A GO:0000287 ... P34913 39072424
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    867898 8qvl:A (2.14) BS01 4VY N/A GO:0000287 ... P34913 39072424
    867899 8qvl:A (2.14) BS02 4VY N/A GO:0000287 ... P34913 39072424
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    867902 8qvo:A (1.96) BS03 CA 3.4.17.18 GO:0004181 ... P29068 N/A
    867903 8qvo:A (1.96) BS04 CA 3.4.17.18 GO:0004181 ... P29068 N/A
    867904 8qvo:A (1.96) BS05 CA 3.4.17.18 GO:0004181 ... P29068 N/A
    867905 8qvo:A (1.96) BS06 CA 3.4.17.18 GO:0004181 ... P29068 N/A
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    867907 8qvr:C (3.8) BS01 peptide N/A GO:0005179 ... P10997 N/A
    867908 8qvr:C (3.8) BS02 peptide N/A GO:0005179 ... P10997 N/A
    867909 8qvr:E (3.8) BS01 peptide N/A GO:0005179 ... P10997 N/A
    867910 8qvr:E (3.8) BS02 peptide N/A GO:0005179 ... P10997 N/A
    867911 8qvr:G (3.8) BS01 peptide N/A GO:0005179 ... P10997 N/A
    867912 8qvr:G (3.8) BS02 peptide N/A GO:0005179 ... P10997 N/A
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    867914 8qvr:I (3.8) BS02 peptide N/A GO:0005179 ... P10997 N/A
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    867919 8qvu:A (2.24) BS03 MG 3.6.5.2 GO:0000139 ... P01116 39298590
    867920 8qvu:B (2.24) BS01 WYL ? GO:0000122 ... P40337 39298590
    867921 8qvu:E (2.24) BS01 WYL 3.6.5.2 GO:0000139 ... P01116 39298590
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    867923 8qvu:E (2.24) BS03 MG 3.6.5.2 GO:0000139 ... P01116 39298590
    867924 8qvu:F (2.24) BS01 WYL ? GO:0000122 ... P40337 39298590
    867925 8qvy:A (2.64) BS01 PO4 N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867926 8qvy:B (2.64) BS01 PO4 N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
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    867940 8qw0:D (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867941 8qw0:E (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867942 8qw0:F (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867943 8qw0:G (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867944 8qw0:H (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867945 8qw0:I (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867946 8qw0:J (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867947 8qw0:K (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867948 8qw0:L (2.175) BS01 GDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867949 8qw1:A (2.1) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867950 8qw1:B (2.1) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867951 8qw1:C (2.1) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867952 8qw1:D (2.1) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867953 8qw1:E (2.1) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867954 8qw1:F (2.1) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867955 8qw2:A (1.87) BS01 UDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
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    867959 8qw2:E (1.87) BS01 UDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867960 8qw2:F (1.87) BS01 UDP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
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    867964 8qw3:D (1.255) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867965 8qw3:E (1.255) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867966 8qw3:F (1.255) BS01 ADP N/A GO:0004550 ... Q13232 39337255
    867967 8qw6:A (2.2) BS01 GDP 3.6.5.2 GO:0003924 ... P01116 39298590
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    867973 8qw6:F (2.2) BS01 X4R ? N/A P40337 39298590
    867974 8qw7:A (2.36) BS01 X53 3.6.5.2 GO:0003924 ... P01116 39298590
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    867977 8qw7:B (2.36) BS01 X53 ? N/A P40337 39298590
    867978 8qw7:E (2.36) BS01 X53 3.6.5.2 GO:0003924 ... P01116 39298590
    867979 8qw7:E (2.36) BS02 GDP 3.6.5.2 GO:0003924 ... P01116 39298590
    867980 8qw7:E (2.36) BS03 MG 3.6.5.2 GO:0003924 ... P01116 39298590
    867981 8qw7:F (2.36) BS01 X53 ? N/A P40337 39298590
    867982 8qw8:A (7.7) BS01 rna N/A GO:0000287 ... G3MZY8 N/A
    867983 8qw8:A (7.7) BS02 dna N/A GO:0000287 ... G3MZY8 N/A
    867984 8qw8:A (7.7) BS03 dna N/A GO:0000287 ... G3MZY8 N/A
    867985 8qw8:A (7.7) BS04 ZN N/A GO:0000287 ... G3MZY8 N/A
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    867987 8qw8:A (7.7) BS06 MG N/A GO:0000287 ... G3MZY8 N/A
    867988 8qw8:B (7.7) BS01 rna N/A GO:0000781 ... A5PJW8 N/A
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    867991 8qw8:E (7.7) BS01 dna N/A GO:0003677 ... Q2T9T3 N/A
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    867993 8qw8:I (7.7) BS01 ZN N/A GO:0001193 ... Q32P73 N/A
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    867995 8qw8:J (7.7) BS01 ZN N/A GO:0003677 ... Q32P78 N/A
    867996 8qw8:L (7.7) BS01 ZN N/A GO:0001650 ... Q3ZBC0 N/A
    867997 8qw8:R (7.7) BS01 dna N/A GO:0003676 ... O94762 N/A
    867998 8qw9:A (4.3) BS01 dna N/A GO:0000287 ... G3MZY8 N/A
    867999 8qw9:A (4.3) BS02 dna N/A GO:0000287 ... G3MZY8 N/A
    868000 8qw9:A (4.3) BS03 ZN N/A GO:0000287 ... G3MZY8 N/A

    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Lydia Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).