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TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

HomodimerDB
This page describes membership of homodimers to sequence and structure clusters. The database is built by first clustering by sequence and then by structural clustering within each sequence cluster. As a result, one sequence cluster may include multiple structure clusters, while each structural cluster may include multiple homodimers. Homodimers that share membership to one structure cluster therefore exhibit both sequence and structure similarity, while homodimers that have membership in different structure clusters but the same sequence structure would exhibit sequence similarity but have distinct structures.
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# Sequence cluster Cluster members
21001 6zpj/1/1:A
  • 6zpj/1/1:B/1:A:
  • 21002 6zpm/1/1:A
  • 6zpm/1/1:B/1:A:
  • 21003 6zq4/4/1:F
  • 6zq4/4/1:F/3:G: 6zq4/1/2:D/1:A; 6zq4/2/2:C/1:B; 6zq4/3/1:E/2:H; 6zq6/1/1:D/2:A; 6zq6/2/1:C/3:B; 6zq7/1/1:A/2:A; 6zq8/1/1:A/2:B;
  • 6zq5/1/1:A/1:B:
  • 21004 6zrk/1/1:C
  • 6zrk/1/2:C/3:C: 6v46/1/1:A/1:C; 6v46/1/1:A/1:E; 6v46/1/1:C/1:E; 6zrk/1/1:C/2:C; 6zrk/1/1:C/3:C;
  • 21005 6zs1/1/1:A
  • 6zs1/1/1:C/1:H: 6zs1/1/1:D/1:G;
  • 6zs1/1/1:D/1:A: 6zs1/1/1:C/1:B;
  • 6zs1/1/1:F/1:A: 6zs1/1/1:E/1:B;
  • 6zs1/1/1:H/1:A: 6zs1/1/1:G/1:B;
  • 6zs1/1/1:H/1:B: 6zs1/1/1:G/1:A;
  • 21006 6zt0/1/1:A
  • 6zt0/1/2:A/3:A: 6zt0/1/1:A/2:A; 6zt0/1/1:A/3:A;
  • 21007 6zt3/1/1:A
  • 4bae/2/1:C/1:D: 4bae/1/1:B/1:A;
  • 6zt3/1/1:A/2:A:
  • 21008 6zt5/1/1:A
  • 6zt4/1/1:A/1:B: 6zt5/1/1:B/1:A;
  • 21009 6zti/1/1:B
  • 6zti/1/1:B/1:D: 6zth/1/1:B/1:D; 6zth/1/1:C/1:A; 6zti/1/1:C/1:A;
  • 6zti/1/1:C/1:D: 6zth/1/1:A/1:B; 6zth/1/1:C/1:D; 6zti/1/1:A/1:B;
  • 21010 6zu0/1/1:C
  • 6zu0/1/1:D/1:A: 6zu0/1/1:B/1:C; 6zu0/1/1:E/1:A; 6zu0/1/1:E/1:D; 6zu0/1/1:F/1:B; 6zu0/1/1:F/1:C;
  • 6zu0/1/1:E/1:F: 6zu0/1/1:B/1:A; 6zu0/1/1:D/1:C;
  • 21011 6zw0/1/1:A
  • 6zw0/1/1:A/1:B:
  • 21012 6zw0/1/1:C
  • 6zw0/1/1:C/1:D:
  • 21013 6zwt/1/1:A
  • 6zwt/2/1:B/1:D: 6zwt/1/1:C/1:A;
  • 21014 6zxa/1/1:A
  • 6zxa/1/1:K/1:M: 6zxa/1/1:A/1:C; 6zxa/1/1:A/1:M; 6zxa/1/1:C/1:E; 6zxa/1/1:E/1:G; 6zxa/1/1:G/1:I; 6zxa/1/1:I/1:K;
  • 21015 6zxb/1/1:A
  • 6zxb/1/1:A/1:B:
  • 6zxc/2/1:C/1:D: 6zxc/1/1:A/1:B;
  • 6zxm/1/1:A/1:B: 6zxm/2/1:C/1:D; 6zxm/3/1:E/1:F;
  • 21016 6zxt/1/1:A
  • 6zxt/1/1:A/1:B:
  • 21017 6zy2/1/1:E
  • 7ch6/1/1:A/1:B: 6xbd/1/1:H/1:G; 6zy2/1/1:E/1:H; 6zy3/1/1:E/1:H; 6zy4/1/1:E/1:H; 6zy9/1/1:E/1:H; 7cge/1/1:A/1:D; 7cgn/1/1:A/1:D; 7ch0/1/1:A/1:D; 7ch7/1/1:A/1:B;
  • 21018 6zy9/1/1:D
  • 6zy9/1/1:D/1:I:
  • 21019 6zyd/1/1:A
  • 6zyd/1/1:F/1:G: 6zyd/1/1:A/1:B; 6zyd/1/1:A/1:C; 6zyd/1/1:B/1:D; 6zyd/1/1:C/1:G; 6zyd/1/1:D/1:E; 6zyd/1/1:E/1:F;
  • 21020 6zz4/1/1:A
  • 6zz4/1/1:B/1:A:
  • 21021 6zz9/1/1:A
  • 6zza/1/1:A/2:A: 6zz9/1/1:B/1:A;
  • 21022 6zzm/2/1:B
  • 6zzm/2/3:B/5:B: 6zzm/1/1:A/2:A; 6zzm/1/1:A/4:A; 6zzm/1/2:A/4:A; 6zzm/2/1:B/3:B; 6zzm/2/1:B/5:B;
  • 21023 7a00/3/1:A
  • 1q3p/2/1:A/2:A:
  • 1q3p/2/1:B/2:B:
  • 1q3p/2/2:A/2:B: 1q3p/1/1:A/1:B; 1q3p/2/1:A/1:B; 7a00/3/1:B/1:A;
  • 21024 7a0g/1/1:AAA
  • 7a0g/1/1:JJJ/1:CCC: 7a0g/1/1:BBB/1:HHH; 7a0g/1/1:DDD/1:EEE; 7a0g/1/1:FFF/1:AAA; 7a0g/1/1:III/1:GGG;
  • 7a0g/1/1:JJJ/1:GGG: 7a0g/1/1:BBB/1:AAA; 7a0g/1/1:DDD/1:CCC; 7a0g/1/1:FFF/1:EEE; 7a0g/1/1:III/1:HHH;
  • 21025 7a0h/1/1:A
  • 7a0h/1/1:B/1:A:
  • 21026 7a0n/1/1:A
  • 7a0n/2/1:B/1:A: 7a0m/2/1:D/1:C; 7a0n/1/1:B/1:A;
  • 7a0n/2/1:D/1:B:
  • 21027 7a0o/1/1:A
  • 7oom/1/1:A/1:B: 7a0o/1/1:A/1:B;
  • 21028 7a0v/1/1:A
  • 7a0v/1/1:C/1:A:
  • 21029 7a0v/1/1:D
  • 7a0v/1/1:B/1:F:
  • 7a0v/1/1:F/1:D:
  • 21030 7a1f/1/1:A
  • 7a1f/1/1:A/1:L:
  • 21031 7a1t/1/1:A
  • 7a1t/1/1:A/1:B: 7a1t/1/1:B/1:C; 7a1t/1/1:D/1:E; 7a1t/1/1:E/1:F;
  • 7a1t/1/1:A/1:F: 7a1t/1/1:D/1:C;
  • 21032 7a23/1/1:p
  • 7a24/1/1:p/1:q: 7a23/1/1:p/1:q;
  • 21033 7a2i/1/1:A
  • 7aa3/1/1:B/1:A: 7a2i/1/1:A/1:B; 7a7c/1/1:A/1:B; 7a8z/1/1:B/1:A;
  • 21034 7a3w/1/1:A
  • 7a3w/1/1:A/1:B:
  • 21035 7a46/1/1:A
  • 7a46/1/1:F/1:G: 7a46/1/1:A/1:B; 7a46/1/1:A/1:G; 7a46/1/1:B/1:C; 7a46/1/1:C/1:D; 7a46/1/1:D/1:E; 7a46/1/1:E/1:F;
  • 21036 7a48/1/1:B
  • 7a48/1/1:B/2:B:
  • 7a4d/2/1:K/1:L: 7a4d/1/1:E/1:F; 7a50/1/1:B/1:D;
  • 21037 7a4a/1/1:A
  • 7a4a/1/1:B/1:C: 7a4a/1/1:A/1:B; 7a4a/1/1:A/1:C;
  • 21038 7a4d/1/1:C
  • 7a4d/2/1:I/1:J: 7a4d/1/1:D/1:C;
  • 21039 7a4d/2/1:G
  • 7a4d/2/1:H/1:G: 7a4d/1/1:B/1:A;
  • 21040 7a56/1/1:A
  • 7a56/1/2:A/3:A: 7a56/1/1:A/2:A; 7a56/1/1:A/3:A;
  • 21041 7a57/1/1:B
  • 7a57/1/1:C/1:A: 7a57/1/1:A/1:B; 7a57/1/1:C/1:B;
  • 21042 7a59/1/1:B
  • 7a5a/2/1:E/1:F: 7a59/1/1:A/1:B; 7a59/1/1:A/1:C; 7a59/1/1:C/1:B; 7a5a/1/1:A/1:B; 7a5a/1/1:C/1:A; 7a5a/1/1:C/1:B; 7a5a/2/1:D/1:E; 7a5a/2/1:D/1:F;
  • 21043 7a5c/1/1:A
  • 7a5c/1/1:A/1:B:
  • 21044 7a5x/1/1:A
  • 2ya4/1/1:A/1:B: 2vvz/1/1:A/1:B; 2ya5/1/1:B/1:A; 2ya6/1/1:A/1:B; 2ya7/1/1:B/1:A; 2ya7/2/1:C/1:D; 2ya8/1/1:A/1:B; 5kky/1/1:B/1:A; 7a5x/1/1:A/1:B;
  • 21045 7a6p/1/1:A
  • 7a6p/1/1:B/1:A:
  • 21046 7a6u/1/1:A
  • 7a6u/1/1:C/1:D: 6cv9/1/1:A/1:B; 6cv9/1/1:A/1:D; 6cv9/1/1:B/1:C; 6cv9/1/1:C/1:D; 7a6u/1/1:A/1:B; 7a6u/1/1:A/1:D; 7a6u/1/1:B/1:C;
  • 21047 7a76/1/1:A
  • 7a76/1/1:D/1:A: 7a76/1/1:C/1:B;
  • 7a76/1/1:D/1:B: 7a76/1/1:C/1:A;
  • 7a76/1/1:D/1:C: 7a76/1/1:A/1:B;
  • 21048 7a7b/3/1:G
  • 7a7b/3/1:G/3:H:
  • 7a7b/3/3:G/3:H: 7a7b/3/1:G/1:H;
  • 21049 7a7d/1/1:d
  • 7a7d/1/1:d/1:e:
  • 21050 7a9d/1/1:A
  • 7a9d/2/3:C/5:C: 7a9d/1/1:A/2:A; 7a9d/1/1:A/4:A; 7a9d/1/2:A/4:A; 7a9d/2/1:C/3:C; 7a9d/2/1:C/5:C;
  • 21051 7a9d/2/1:D
  • 7a9d/2/3:D/5:D: 7a9d/1/1:B/2:B; 7a9d/1/1:B/4:B; 7a9d/1/2:B/4:B; 7a9d/2/1:D/3:D; 7a9d/2/1:D/5:D;
  • 21052 7a9g/1/1:AAA
  • 8ogh/1/1:B/1:A: 7a9g/1/1:BBB/1:AAA; 7a9h/1/1:AAA/1:BBB;
  • 21053 7a9y/1/1:AAA
  • 7a9y/2/1:BBB/3:AAA: 1cbr/1/1:A/1:B; 7a9y/1/2:BBB/1:AAA;
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  • 21054 7aa5/1/1:A
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  • 7aa5/1/1:C/1:D: 7aa5/1/1:A/1:B; 7aa5/1/1:A/1:C; 7aa5/1/1:B/1:D;
  • 21055 7aal/1/1:A
  • 7aan/1/1:A/1:B: 7aal/1/1:A/1:B; 7aam/1/1:A/1:B;
  • 21056 7aau/3/1:D
  • 7aas/1/1:A/1:F: 7aas/2/1:B/1:C; 7aas/3/1:E/1:D; 7aau/1/1:A/1:F; 7aau/2/1:B/1:C; 7aau/3/1:E/1:D; 7av7/1/1:A/1:F; 7av7/2/1:B/1:C; 7av7/3/1:E/1:D;
  • 21057 7aaw/1/1:A
  • 7aaw/1/1:B/1:A:
  • 21058 7ab4/1/1:A
  • 7ab5/1/1:A/1:D: 7ab3/1/1:D/1:A; 7ab4/1/1:A/1:D;
  • 21059 7ab8/1/1:B
  • 7ab8/1/1:B/2:B: 7aml/1/1:C/1:F;
  • 21060 7abr/1/1:D
  • 7abr/1/1:C/1:D: 7abr/1/1:A/1:B; 7abr/1/1:B/1:C; 7abr/1/1:E/1:D;
  • 7abr/1/1:F/1:E: 7abr/1/1:F/1:A;
  • 21061 7ac6/1/1:A
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  • 21062 7acb/1/1:A
  • 7acb/1/1:A/1:D:
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  • 21064 7ad1/1/1:A
  • 7ad1/1/1:C/1:A: 7ad1/1/1:B/1:A;
  • 21065 7ad1/1/1:B
  • 7ad1/1/1:B/1:C:
  • 21066 7adr/1/1:B
  • 7adr/1/1:B/1:E: 5n6y/1/1:B/1:E; 6fea/1/1:B/1:E; 7ady/1/1:B/1:E; 7aiz/1/1:B/1:E;
  • 21067 7adz/1/1:0A
  • 7adz/1/1:0E/1:0F: 7adz/1/1:0A/1:0B; 7adz/1/1:0A/1:0F; 7adz/1/1:0B/1:0C; 7adz/1/1:0C/1:0D; 7adz/1/1:0D/1:0E;
  • 21068 7ae8/1/1:A
  • 7ae8/1/1:B/1:A: 7ae2/1/1:A/2:A; 7ae6/1/1:B/1:A; 7ae8/2/1:C/1:D; 7ae9/1/1:B/1:A; 7ae9/2/1:D/1:C;
  • 21069 7aed/1/1:A
  • 7aed/1/1:A/1:B:
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  • 7aef/1/1:u/1:v: 7aef/1/1:t/1:u; 7aef/1/1:t/1:v;
  • 21072 7ag0/1/1:A
  • 7ag0/1/1:A/2:A:
  • 21073 7ag1/1/1:Z
  • 7ag1/1/1:Z/2:Z: 7ag1/1/1:X/2:X;
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  • 7agh/2/1:A/2:D: 7ag6/1/1:B/1:A; 7agh/1/1:B/1:C; 7agk/1/1:D/1:C; 7agk/2/1:A/1:B;
  • 21075 7ag9/1/1:A
  • 7ag9/1/1:A/1:B:
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  • 7agj/1/1:B/1:A:
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  • 7agx/1/1:1G/1:1H:
  • 21078 7ah1/1/1:A
  • 3upc/15/1:G/1:H: 3upc/11/1:A/1:B; 3upc/12/1:C/1:D; 3upc/13/1:E/1:I; 3upc/14/1:F/1:J;
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  • 7ah2/1/1:AAA/1:BBB:
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  • 6q16/1/1:AM/1:AR: 6pep/1/1:AM/1:AR; 6q15/1/1:AM/1:AR; 7ah9/1/1:1K/1:1P; 7ahi/1/1:1K/1:1P;
  • 7ahi/1/1:1K/1:1L: 7ah9/1/1:1K/1:1L;
  • 21081 7ah9/1/1:2E
  • 7ahi/1/1:2E/1:2K: 7ah9/1/1:2E/1:2K;
  • 7ahi/1/1:2E/1:2P: 7ah9/1/1:2E/1:2P;
  • 21082 7ahd/1/1:A
  • 7ahd/1/1:B/1:A:
  • 7ahe/1/1:A/1:B: 7ahc/1/1:A/1:B; 7ahh/1/1:B/1:A;
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  • 7ahd/1/1:C/1:D:
  • 7ahh/1/1:C/1:D: 7ahe/1/1:C/1:D;
  • 21084 7ahm/1/1:A
  • 7agv/4/1:G/1:H: 7agv/1/1:A/1:B; 7agv/2/1:C/1:D; 7agv/3/1:E/1:F;
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  • 21085 7ai3/2/1:C
  • 7ai3/2/1:D/1:C: 7ai2/1/1:A/1:B; 7ai2/2/1:D/1:C; 7ai3/1/1:A/1:B;
  • 21086 7aia/1/1:AAA
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    Reference:
    Jacob Schwartz et al.

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