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TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

HomodimerDB
This page describes membership of homodimers to sequence and structure clusters. The database is built by first clustering by sequence and then by structural clustering within each sequence cluster. As a result, one sequence cluster may include multiple structure clusters, while each structural cluster may include multiple homodimers. Homodimers that share membership to one structure cluster therefore exhibit both sequence and structure similarity, while homodimers that have membership in different structure clusters but the same sequence structure would exhibit sequence similarity but have distinct structures.
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# Sequence cluster Cluster members
23401 7vvx/1/1:B
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  • 23402 7vw0/1/1:A
  • 7vw2/1/1:A/1:B: 7vw0/1/1:A/1:B; 7vw1/1/1:A/1:B;
  • 23403 7vwk/1/1:A
  • 7vwk/1/1:B/1:A:
  • 23404 7vwo/1/1:A
  • 7vwo/3/1:I/1:K: 7vwo/1/1:A/1:B; 7vwo/2/1:E/1:G;
  • 23405 7vwp/2/1:B
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  • 23406 7vwt/1/1:A
  • 7vwt/1/1:B/1:A:
  • 23407 7vyu/1/1:A
  • 7vyu/1/1:A/1:B:
  • 23408 7vzf/1/1:A
  • 7vzf/1/1:B/1:C: 7vzf/1/1:A/1:B; 7vzf/1/1:A/1:C;
  • 23409 7vzg/1/1:A
  • 7vzr/1/1:A/1:a: 7vzg/1/1:A/1:a;
  • 23410 7vzn/1/1:A
  • 7vyj/1/1:A/1:B: 7vx0/1/1:A/1:B; 7vyo/1/1:A/1:B; 7vyp/1/1:A/1:B; 7vzn/1/1:A/1:B; 7vzq/1/1:A/1:B; 7vzu/1/1:A/1:B; 7vzy/1/1:A/1:B; 7vzz/1/1:A/1:B;
  • 23411 7vzo/1/1:A
  • 7vzo/1/1:A/1:B:
  • 23412 7w08/1/1:C
  • 7w08/4/1:G/1:H: 7w06/1/1:A/2:A; 7w07/1/1:A/2:A; 7w08/1/1:D/1:C; 7w08/2/1:B/1:A; 7w08/3/1:F/1:E;
  • 23413 7w0d/1/1:A
  • 7w0a/1/1:A/1:E:
  • 7w0d/1/1:F/1:A:
  • 23414 7w0i/1/1:A
  • 7w0i/1/1:A/1:D: 7w0i/1/1:B/1:C;
  • 7w0i/1/1:B/1:D: 7w0i/1/1:A/1:C;
  • 7w0i/1/1:C/1:D: 7w0i/1/1:A/1:B;
  • 23415 7w0l/1/1:Q
  • 7w0l/1/1:Q/1:R:
  • 23416 7w0w/1/1:A
  • 7w0w/1/1:A/1:B:
  • 23417 7w1f/1/1:B
  • 7w1f/1/1:C/1:B: 7w1f/1/1:A/1:B; 7w1f/1/1:A/1:C;
  • 23418 7w1r/1/1:A
  • 7w1r/1/1:A/2:A:
  • 23419 7w1y/1/1:3
  • 7w1y/1/1:3/1:B:
  • 23420 7w1y/1/1:5
  • 7w1y/1/1:D/1:5:
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  • 7w61/1/1:A/4:A: 7w61/1/2:A/3:A;
  • 7w61/1/3:A/4:A: 7w61/1/1:A/2:A;
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  • 23451 7wdm/1/1:A
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  • 23514 7wuy/1/1:A
  • 7wuy/1/1:A/1:B: 7wvs/1/1:A/1:B; 7ww0/1/1:A/1:B;
  • 23515 7wv3/1/1:A
  • 7wvf/1/1:A/1:B: 7wv3/1/1:A/1:B; 7wv3/1/1:C/1:D; 7wv4/1/1:A/1:B; 7wv4/1/1:C/1:D; 7wv5/1/1:A/1:B; 7wve/1/1:A/1:B; 7wvj/1/1:A/1:B;
  • 23516 7wvz/1/1:A
  • 8i4z/1/1:A/1:B: 7wvz/1/1:B/1:A; 8i4y/1/1:A/1:B;
  • 23517 7ww2/1/1:A
  • 7ww2/1/1:B/1:A:
  • 23518 7wwb/1/1:A
  • 7wwb/1/1:A/1:B:
  • 23519 7wwf/1/1:A
  • 7wwf/3/1:E/1:F: 7wwf/1/1:B/1:A; 7wwf/2/1:D/1:C;
  • 23520 7wwn/1/1:A
  • 7wwo/1/1:A/1:B: 7wwn/1/1:A/2:A; 8gz0/1/1:A/1:B;
  • 23521 7wwr/1/1:A
  • 7wwr/1/1:B/1:C:
  • 7wws/1/1:A/1:B:
  • 7wws/1/1:A/1:C: 7wwr/1/1:A/1:B;
  • 7wws/1/1:B/1:C: 7wwr/1/1:A/1:C;
  • 23522 7wwu/1/1:C
  • 7wwv/1/1:E/1:F: 7wwu/1/1:C/1:D; 7wwu/1/1:D/1:E; 7wwu/1/1:E/1:F; 7wwu/1/1:F/1:G; 7wwu/1/1:G/1:H; 7wwv/1/1:C/1:D; 7wwv/1/1:D/1:E; 7wwv/1/1:F/1:G; 7wwv/1/1:G/1:H;
  • 23523 7wwx/1/1:A
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  • 23526 7wzd/1/1:A
  • 7x1x/1/1:A/1:B: 7wzd/1/1:A/1:B; 7x2y/1/1:A/1:B;
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  • 23528 7wzg/1/1:B
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  • 23535 7x2b/1/1:A
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  • 23536 7x2p/1/1:A
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  • 7x39/1/1:B/1:A: 1wz7/1/1:A/2:A; 1wz7/2/1:C/1:B; 2nml/1/1:A/2:A; 7cnc/1/1:A/2:A; 7x39/2/1:C/1:D;
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  • 7x53/1/1:A/1:B:
  • 23545 7x5d/1/1:A
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  • 7x5d/1/2:B/2:A: 7x5d/1/1:B/1:A;
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  • 23557 7x7p/1/1:M
  • 7x7q/1/1:N/1:O: 7x7p/1/1:M/1:P; 7x7p/1/1:N/1:O; 7x7p/1/1:O/1:P; 7x7q/1/1:M/1:P; 7x7q/1/1:O/1:P;
  • 23558 7x7w/1/1:A
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  • 7x81/1/1:B/1:A: 7x7z/1/1:A/1:C; 7x7z/2/1:D/1:B; 7x80/1/1:B/1:A; 7x86/1/1:C/1:A; 7x86/2/1:B/1:D;
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  • 23562 7x8x/2/1:0
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    Reference:
    Jacob Schwartz et al.

    petefredumich.edu | 1150 W. Medical Center Dr., Ann Arbor, MI 48109-0600